Chùa được di dời về vị trí hiện tại - kinh thành Heijo (Nara ngày nay) vào năm 718. Các trận cháy đã phá hủy hầu hết các kiến trúc trong chùa năm 973. Việc trùng tu được thực hiện ráo riết vào thập niên 1970 và giờ đã được khôi phục hoàn toàn, chùa Dược Sư là di sản thế giới UNESCO 1998.
Chùa có lối kiến trúc Tây Tháp - Đông
Tháp. Đông tháp là kiến trúc duy nhất còn nguyên từ thế kỷ thứ 8, mỗi
tầng có (mái nhà ở dưới mái nhà chính). Hiên và ở mỗi tầng, dài ngắn
tương giao hổ trợ nhau tạo ra một vẻ đẹp theo luật động (sự rung động
đúng luật) cho ta thưởng thức vẻ đẹp đúng như một lời nào đó cho rằng
kiến trúc nầy là thể loại kiến trúc theo luật âm nhạc của mùa đông
(frozen music).
Tượng Dược Sư Như Lai tam tôn, được đặt
trong Kim đường (chánh điện), Dược sư, Nhật quang, Nguyệt quang, to lớn ở
kim đường và tượng Phật Quan âm ở tự viện phía đông của chùa, đều là
những bức tượng cổ bằng đồng mạ vàng được tạo theo phong cách thời Asuka
với những đặt trưng hình mang tính tả thực. Thân thể Phật tròn trịa
được xữ lý qua phương pháp y phục bó sát mình và vạt áo của Phật phủ
trên bệ. Đây là nét đặc trưng nghệ thuật điêu khắc tượng Phật Ấn độ thời
Asuka.
Đây đúng là kỹ thuật điêu khắc tượng
Phật ở Ấn độ thời vua Gupta, nghệ thuật khắc nầy đã được truyền sang
Nhật từ Trung quốc. Hiện nay ở Trung quốc chùa Bảo Khánh, có những pho
tượng được tạc theo thể thức này gọi chung là phong tượng Phật điêu khắc
thời Đường. Phật Dược Sư theo tính ngưỡng dân gian người là vị thần
mang lại cho con người kiến thức y dược học, giúp chữa trị và bảo vệ con
người khỏi bệnh tật.
Điện thờ Đảnh cốt Xá lợi ngài Huyền Trang
Cổng vào viện kỷ niệm đường ngài Huyền Trang
Chánh điện chùa Dược Sư
Bảo Tháp phái Tây được xây dựng lại mới vào năm 1981
Bảo Tháp phía đông là di sản của Quốc gia vẫn còn nguyên vẹn được xây dựng vào năm 730, cao 33.6m
