Đạo Phật ra đời vào khoảng thế kỉ VI trước công nguyên do Đức Thích Ca Mâu Ni sáng lập ở vùng Đông Bắc Ấn Độ và nhanh chóng sau đó trở thành một trong những tôn giáo lớn của Ấn Độ. Trong những năm đầu công nguyên, đạo Phật đã bắt đầu du nhập vào Việt Nam bằng nhiều con đường khác nhau.
Vào thời Hán, vùng đất Phú Yên thuộc về quận Nhật Nam. Đến năm 192, Khu Liên lãnh đạo nhân dân nổi dậy giành được độc lập và thành lập nước Lâm Ấp. Từ thế kỉ II đến cuối thế kỉ VIII, Phú Yên là vùng đất phía Nam của Lâm Ấp, cuối thế kỉ VIII Lâm Ấp đổi quốc hiệu là Hoàn Vương, thế kỉ IX đổi là Chiêm Thành và đến năm 875 có tên là Chămpa. Theo Nguyễn Đình Tư trong sách Non nước Phú Yên thì Bình Định và Phú Yên thuộc châu Vijaya, trong đó Phú Yên là phần đất cực Nam của châu Vijaya.
Vào khoảng nửa thế kỉ I sau công nguyên Phật giáo du nhập vào Chămpa và vùng đất Phú Yên. Đến thời kì vua Indravarman II (cuối thế kỉ IX – đầu thế kỉ X), Chămpa dời đô ra Indrapura (thành Đồng Dương, huyện Thăng Bình, Quảng Nam ngày nay). Đây được xem là thời kì phát triển hưng thịnh của Chămpa và cực thịnh của Phật giáo Đại thừa. Tại Phú Yên, nhiều dấu tích Phật giáo cũng được phát hiện như di tích Hồ Sơn (thành phố Tuy Hòa), di tích Núi Bà (thuộc thôn Mỹ Thạnh Đông, xã Hòa Phong, huyện Tây Hòa), di tích ở địa bàn thôn Hòa Sơn, xã Hòa Kiến (TP Tuy Hòa),... Hầu hết các hiện vật Phật giáo được tìm thấy ở Phú Yên đều có niên đại trước thế kỉ X – XI. Với những phát hiện trên, tuy ít ỏi nhưng Tiến sĩ Lê Đình Phụng, viện khảo cổ học cho rằng Phú Yên “có khả năng là một trung tâm Phật giáo lớn của cư dân Chăm trong lịch sử”. Từ thế kỉ X đến thế kỉ XV, lịch sử Chămpa có nhiều biến động lớn,
Phật giáo ở Phú Yên suy yếu, bắt đầu chuyền dần sang thời kì thống trị của Bà-la-môn.
Từ năm 1471, Phú Yên thuộc về Đại Việt, là một phần của Quảng Nam thừa tuyên. Năm 1558, Nguyễn Hoàng vào trấn thủ Thuận Hóa và bắt đầu công cuộc Nam tiến. Năm 1578, theo Đại Nam nhất thống chí, Nguyễn Hoàng “đã ủy nhiệm ông Lương Văn Chánh làm Trấn biên quan chiêu tập lưu dân đến Cù Mông, Bà Đài ít khai khẩn đã khai hoang ở Đà Diễn”, có khoảng 100 thôn ấp được thành lập. Năm 1611 Lương Văn Chánh mất, “người Chiêm xâm lấn biên cảnh, vua sai chủ sự Văn Phong dẹp yên, lấy đất ấy lập làm hai huyện Đồng Xuân và Tuy Hòa, đặt phủ Phú Yên..." [Nguyễn Quốc Lộc, Tạp chí Xưa và Nay, số 106 năm 2001, tr11]. Việc thành lập phủ Phú Yên năm 1611 đánh dấu sự mở đầu cho công cuộc mở cõi và làm bàn đạp trong cuộc hành trình Nam tiến của chúa Nguyễn ở đất Đàng Trong.
Cùng với quá trình mở cõi về phía Nam, các chúa Nguyễn đã sự ủng hộ đạo Phật để tạo dựng công đức và uy thế cho dòng họ, thu hút nhân dân về phía mình. Người Việt đi đến đâu, chùa Phật mọc lên đến đó. Với chủ trương đó, các chúa Nguyễn đã rất trọng dụng và tôn sùng các nhà sư ở Đàng Ngoài, thiền sư Trung Quốc, mời họ đến Đàng Trong để hoằng pháp. “Tại Phú Yên, người truyền Phật giáo vào trước tiên là Hòa thượng Tế Viên thuộc thiền phái Lâm Tế. Ngôi chùa đầu tiên ở Phú Yên được xây dựng vào giữa thế kỉ XVII là chùa Hội Tôn do Hòa thượng Tế Viên khai sáng và trụ trì.” [Lịch sử Phú Yên từ thế kỉ XVII đến thế kỉ XVIII, tr 230]. Địa điểm chùa Hội Tôn ngày nay thuộc thôn Hội Tín, xã An Thạch, huyện Tuy An. Sau đó, chùa được dời qua thôn Diêm Điền gọi là chùa Cổ Lâm, thuộc xã An Ninh Tây, cách địa điểm cũ khoảng 300 mét. Trong suốt thế kỉ XVII – XVIII, sau chùa Hội Tôn ở Phú Yên có khoảng 20 ngôi chùa khác được xây dựng như chùa Châu Lâm (nay ở thô Quảng Đức, xã An Thạch, Tuy An), chùa Long Quang (đường Nguyễn Công Trứ, thành phố Tuy Hòa), .....
Trong số các đệ tử của thiền sư Tế Viên, có sư Liễu Quán quê làng Bạc Mã, huyện Đồng Xuân, tỉnh Phú Yên (nay là xã An Thạch, huyện Tuy An, Phú Yên). Thiền sư Liễu Quán đã khai sơn chùa Bảo Tịnh (nay tọa lạc ở đường Phan Đình Phùng, thành phố Tuy Hòa), có công Việt hóa thiền phái Lâm Tế, sáng lập nên thiền phái Lâm Tế Liễu Quán và làm cho thiền phái này phát triển mạnh mẽ ở Ðàng Trong. Chính vì thế, khoảng thời gian này còn có thiền phái Tào Động cũng truyền bá ở đây nhưng không phát triển được. Sau khi thiền sư viên tịch, những đệ tử của thiền sư đã khai sơn nhiều ngôi chùa như Tế Dũng lập chùa Bình Quang (phường 4, thành phố Tuy Hòa), Tế Căn lập chùa Hồ Sơn (khu phố Ninh Tịnh 1, phường 9, thành phố Tuy Hòa), Tế Ngạn sáng lập chùa Long Sơn (thôn An Nghiệp, xã Hòa Định, huyện Tuy Hòa), .... [Nguyễn Đình Chúc – Huệ Nguyễn, Lược sử Phất giáo và các chùa Phú Yên, tr 15]
Khoảng thế kỉ XVII – XVIII, thiền sư Minh Châu – Pháp Bảo (người Trung Quốc) đã sáng lập dòng thiền mới là thiền phái Lâm Tế Chúc Thánh tại Quảng Nam. Người đầu tiên của dòng Chúc Thánh đến Phú Yên là thiền sư Pháp Chuyên - Diệu Nghiêm, đời 36 Lâm Tế Chúc Thánh. Sau một thời gian hoằng hóa, thiền sư đã khai sơn chùa Từ Quang (còn gọi là chùa Đá Trắng, ở thôn Cần Lương, xã An Dân, Tuy An) vào năm 1797.
Từ Tổ đình Từ Quang, các đệ tử của thiền sư Pháp Chuyên khai sơn các chùa trong tỉnh như sau: chùa Khánh Sơn (thôn Phước Hậu, phường 9, thành phố Tuy Hòa); chùa Thượng Tiên Thọ Vân (thôn Thọ Vức, Hòa Kiến, thành phố Tuy Hòa); chùa Viên Quang (thôn Định Phong, xã An Nghiệp, Tuy An) v.v.. Từ đó, dòng Chúc Thánh hưng thịnh tại Phú Yên và liên tục phát triển vào các tỉnh Ninh Thuận, Bình Thuận.
Như vậy, suốt thế kỉ XVII – XVIII và kéo dài đến hết thế kỉ XIX, Phật giáo ở Phú Yên có sự đan xen nhiều tông phái. Tuy vậy, hầu hết các chùa ở Phú Yên đều theo thiền phái Lâm Tế và phân thành 2 dòng kệ: Lâm Tế Liễu Quán và Lâm Tế Chúc Thánh.
Từ năm 1802, nhà Nguyễn được thành lập. Nhà Nguyễn chủ trương tổ chức bộ máy cai trị dựa vào Nho giáo. Chính vì thế, các vua nhà Nguyễn đã thi hành nhiều chính sách hạn chế Phật giáo. Tuy vậy, nhiều chùa ở Phú Yên vẫn được thành lập như chùa Minh Sơn (thôn Minh Đức, Hòa Kiến, thành phố Tuy Hòa), chùa Bảo Sơn (thông Phong Thăng, An Định, Tuy An), Long Quang (thôn Long Phước, thị xã Sông Cầu)...; nhiều danh tăng được triều Nguyễn mời ra Huế để tham dự các buổi trai đàn ở chùa Thiên Mụ như Hòa thượng Trí Giác chùa Kim Cang, Hòa thượng Sơn Nhân Tánh Thông Giác Ngộ trụ trì chùa Long Sơn Bát Nhã, ... và cũng có nhiều chùa được ban Sắc tứ như chùa Phước Sơn (thôn Đông Hòa, thị trấn Củng Sơn), chùa Vĩnh Long (thôn Mỹ Phú, xã An Hiệp, Tuy An), chùa Kim Long (phường 1, thành phố Tuy Hòa), ...
Đầu thế kỉ XX thiền sư Khánh Hòa (trụ trì chùa Tiên Linh, Bến Tre) và các đồng đạo của ông vận động chấn hưng Phật giáo trong thập niên 20 thế kỉ XX rồi lan rộng khắp cả nước. Theo Lược sử Phật giáo và các chùa Phú Yên của tác giả Nguyễn Đình Chúc – Huệ Nguyễn, tại Phú Yên, năm 1932 Hội Phật học được thành lập, sau đó Giáo hội Tăng già Phú Yên cũng ra đời đứng đầu là Hòa thượng Pháp Ngữ chùa Từ Quang. Năm 1945 Hội Phật giáo cứu quốc tỉnh được thành lập. Đặc biệt vào tháng 11/1955, tại chùa Long Quang (Tuy Hòa), Giáo hội Tăng già tỉnh Phú Yên thành lập, trực thuộc Giáo hội Tăng già Trung Việt, trụ sở đặt tại chùa Hồ Sơn. Qua những sự kiện trên đánh dấu một sự nổ lực lớn của giới tăng ni Phật giáo Phú Yên trong việc chấn hưng Phật giáo của tỉnh nhà nhằm thúc đẩy hoàn thiện về tổ chức, về giáo lí, về công tác Phật sự, ...
Trong hai cuộc kháng chiến chống Pháp và chống Mỹ, chính quyền thực dân đều tìm mọi cách hạn chế Phật giáo, kì thị tôn giáo, cấm mở trai đàn, .... Đặc biệt thời Ngô Đình Diệm, ở Phú Yên, nhiều vụ bắt bớ tín đồ Phật giáo diễn ra. “Có trường hợp, tín đồ Phật giáo bị thủ tiêu chôn sống như trường hợp các ông Nguyễn Chuyển, Đỗ Thìn ở thôn Mậu Lâm, xã Hòa Quang, quận Tuy Hòa.”[Lê Cung, Phong trào Phật giáo miền Nam Việt Nam năm 1963, tr 47].
Vì thế, hàng nghìn phật tử sẵn sàng “cởi áo cà sa, khoác chiến bào”, đấu tranh đòi quyền bình đẳng tôn giáo, đòi công bằng, dân chủ cho nhân dân. Các chùa trở thành căn cứ, cơ sở cách mạng, là nơi tập họp của các nhà yêu nước và luyện tập nghĩa quân như chùa Từ Quang (còn gọi là chùa Đá Trắng, Tuy An) gắn với cuộc khởi nghĩa do Võ Trứ, Trần Cao Vân lãnh đạo từ năm 1898 – 1900, lực lượng tham gia có các tín đồ tôn giáo, chủ yếu là Phật giáo, vì thế thực dân Pháp gọi nghĩa quân Võ Trứ là “giặc thầy chùa”; các chùa như Minh Sơn, Khánh Sơn (phường 9, thành phố Tuy Hòa), chùa Long Sơn, Nghĩa Phong (Phú Hòa), chùa Thanh Lương, Liên Trì (Tuy An), .... Nhiều tăng ni, phật tử đã hy sinh vì độc lập dân tộc như Hòa thượng Thích Giác Lượng, Thích Giác Thông, Thích Giác Thuận, ...
Sau ngày đất nước thống nhất, với chính sách tự do tôn giáo, tín ngưỡng của Nhà nước, ngày 07/11/1981 Giáo hội Phật giáo Việt Nam được thành lập đã xác định “Phương châm hoạt động của Giáo hội Phật giáo Việt Nam là: Đạo pháp – Dân tộc – Chủ nghĩa xã hội”.
Tỉnh hội Phật giáo Phú Yên cũng thành lập sau đó. Với nhiệm vụ mới, Phật giáo tiếp tục vận động tín đồ tham gia tích cực vào công cuộc xây dựng chủ nghĩa xã hội, thực hiện nghĩa vụ quân sự, xây dựng kinh tế, xóa đói giảm nghèo, học tập và làm theo tấm gương đạo đức Hồ Chí Minh, chú trọng công tác từ thiện xã hội cứu trợ đồng bào bị thiên tai lũ lụt; những hoàn cảnh khó khăn, ... Phật giáo còn răn dạy về đoàn kết hòa hợp, từ bi hỷ xả, dấn thân phụng sự nhằm đem đến sự ổn định và an bình cho xã hội.
Với lịch sử hàng nghìn năm, Phật giáo đã trải qua rất nhiều thăng trầm cùng với sự thăng trầm của lịch sử nước nhà nhưng Phật giáo luôn khẳng định tôn chỉ và lập trường là đồng hành cùng dân tộc, trở thành một bộ phận không thể thiếu trong đời sống tinh thần của người dân Việt Nam nói chung và tỉnh Phú Yên nói riêng. Phật giáo tiếp tục cùng với nhân dân toàn tỉnh đẩy mạnh phong trào thi đua yêu nước, thực hiện lời dạy của Chủ tịch Hồ Chí Minh lương – giáo đoàn kết để khắc phục khó khăn, ổn định chính trị, phát triển kinh tế - xã hội trong thời kì mới.