Tự nhận mình thuộc chi phái Lê Duy Mật của hoàng tộc nhà Lê, Nguyễn Thượng Khánh đã viết một loạt bài đăng trên tạp chí Phổ thông xuất bản ở Sài Gòn (từ số 61 đến 65): “Khi được tin vua Càn Long hứa gả con gái cho Quang Trung, trong một phút bồng bột vì quá ghen, Ngọc Hân đã bỏ thuốc độc cho Quang Trung uống". Đi xa hơn nữa, ông này còn cho rằng: "cuộc hôn phối giữa Nguyễn Huệ và Ngọc Hân không là cuộc hôn phối tốt đẹp, lẽ tự nhiên có một sự oán hờn bên trong", và "nếu không vì chữ hiếu thì Ngọc Hân đã có thể chết đi được khi nàng được tin phải làm vợ của tướng Tây Sơn”. Lại đi xa hơn nữa, ông còn cho rằng: “bài văn tế Quang Trung và Ai Tư vãn cho là của Ngọc Hân công chúa nhưng sự thật chưa hẳn đã đúng…”

Ngoài ra, có người lại bảo vua Quang Trung bị "thượng mã phong", nhưng tất cả đều là những nguyên nhân không có cơ sở.

Bị đầu độc hay bệnh?

Chỉ có hai giả thuyết chính: vua đã chết vì đầu độc, hay chết vì bệnh.

Giải thích theo khoa học, nếu đầu độc chết, thì có thể có những vụ "đầu độc dần dần", gây nên một sự nhiễm độc chậm, không làm chết nhanh chóng, chết đột ngột mà làm cho cơ thể bị nhiễm độc biểu hiện ra bằng những triệu chứng có thể nhầm với bệnh tật. Ngược lại, cũng có những bệnh tật thực sự, trong quá trình diễn biến sinh ra độc tố, có thể biểu hiện ra bằng những dấu hiệu giống như bị đầu độc.

Trong trường hợp của vua Quang Trung, nếu bị đầu độc chết dần dần như bị bệnh thì không phải là chuyện dễ dàng. Và vấn đề đặt ra là: Chất độc gì, kiếm ở đâu ra, làm sao mang được vào trong cung vua, dùng với liều lượng nào để không gây chết nhanh.... Trong lịch sử nước ta, không hề nghe nói có vụ nào dần dần như vậy. Vì thế, có thể loại bỏ giả thuyết này.

Giả thiết của sách Nhà Tây Sơn có phần đúng hơn. Sách này viết: "Vua Quang Trung chết chỉ vì bệnh huyết áp cao, làm việc nhiều, suy nghĩ nhiều bị đứt mạch máu...". Suy luận theo những kiến thức Tây y đương đại, một con người như vua Quang Trung, đang ở độ tuổi sung sức, hoạt động mãnh liệt, đánh đông dẹp bắc, ngày đêm lo nghĩ, có một cuộc sống cực kỳ căng thẳng, thì không tránh khỏi bệnh cao huyết áp. Thêm vào đó, chế độ dinh dưỡng của một ông vua không thể không khiến có một tỉ lệ cholestérol cao trong máu, dẫn đến xơ vữa động mạch - nguyên nhân của những tai biến mạch máu não.

Tóm lại, đến nay, cái chết của vua Quang Trang vẫn là một nghi án. Sau khi vua Quang Trung băng hà, Nguyễn Quang Toản nối ngôi. Vua Cảnh Thịnh bấy giờ mới 15 tuổi, mọi việc trong triều đình đều do Thái sư Bùi Đắc Tuyên (cậu ruột của vua) quyết đoán. Từ thói lộng hành của Tuyên, khiến kẻ gian thần bất tài nhưng được trọng vọng, người có tài đức bị đày ải, cô lập và cũng là nguyên nhân chính dẫn đến suy yếu và sụp đổ của nhà Tây Sơn.