Sau khi phật giáo tranh đấu chống đối sự kì thị tôn giáo của chế độ độc tài tàn bạo đối với phật giáo năm 1936 và rồi chánh quyền đó bị sụp đổ. Cuối năm 1963 thì thành lập giáo hội phật giáo Việt Nam thống nhất và đồng thời cũng được chánh quyền kế tiếp sau khi lật đổ chế độ độc cho giáo hội một miếng đất rộng bốn mẩu tại số 16 đường Trần Quốc Toản với danh nghĩa là mướn thời hạn 99 năm chỉ với một đồng bạc tượng trưng và được tiếp tục khi hết hạn.

Vậy là ngôi chùa Việt Nam Quốc Tự được xây dựng trên đất này vào đầu năm 1964. Khởi đầu xây dựng đơn giản vách gạch lợp tole để cho chư tăng ni phật tử có nơi lễ bái khi mới thành lập giáo hội và trụ trì đầu tiên là hòa thượng Thích Thiện Hoa vào năm 1964.

Nhưng buổi đầu vì công việc phật quá nhiều nên hòa thượng Thiện Hoa xin nghỉ để dồn sức vào chức vụ phó viện trưởng Viện Hóa Đạo. Kế tiếp đầu năm 1965 thì hòa thượng Thích Từ Nhơn được thỉnh cử đảm nhiệm trụ trì Việt Nam Quốc Tự cho đến nay và hiện nay hòa thượng Từ Nhơn là thành viên hội đồng chứng minh cũng là Phó Chủ tịch thường trực Hội đồng trị sự Trung ương Giáo hội Phật giáo Việt Nam.