Vạn Hạnh thiền sư họ Nguyễn, người châu Cổ Pháp, hương Dịch Bảng, phủ Thiên Đức (nay là làng Đình Bảng, Thuận Thành, Bắc Ninh) xuất thân trong một gia đình đời đời tín Phật. Thuở nhỏ, ngài đã có tư chất khác thường, tinh thông Tam học, nghiên cứu trăm luận, xem thường công danh.
 
Năm 21 tuổi, xuất gia với Thiền Ông ở chùa Lục Tổ. Ngài thuộc thế hệ thứ bảy, dòng thiền Tỳ Ni Đa Lưu Chi của chùa Pháp Vân. Sau khi thầy qua đời, Thiền sư dốc chí luyện tập môn Tổng trì Tam muội, từ đó lời nào ngài nói ra cũng đều rất ứng nghiệm.
 
Thiền sư Vạn Hạnh chính là người đã dày công giáo dưỡng Lý Thái Tổ (1010-1028) ở trong chùa từ nhỏ, lúc vua còn là chú tiểu Lý Công Uẩn, theo nghĩa phụ Lý Khánh Văn đến chùa Tiêu Sơn học đạo. Khi thấy Lê Long Đĩnh bạo ngược, trăm họ sống trong cảnh lầm than, bấy giờ Lý Công Uẩn đang giữ chức Điện tiền chỉ huy sứ nhà Lê, Thiền sư đã vận động quần thần trong triều suy tôn Lý Công Uẩn lên ngôi vua, sáng lập ra nhà Lý. Về sau, cũng chính Thiền sư đã tham mưu cho Lý Thái Tổ trong việc dời đô, từ kinh đô Hoa Lư về Thăng Long, để tính kế phồn thịnh muôn đời cho con cháu.
 
Ngày rằm tháng 5 năm 1025, khi công hạnh đã viên mãn, Thiền sư gọi đồ chúng lại dặn dò, đọc bài kệ: 
“Thân như điện ảnh hữu hoàn vô
 Vạn mộc xuân vinh thu hựu khô
 Nhậm vận thịnh suy vô bố úy
 Thịnh suy như lộ thảo đầu phô”
 
(Thân như bóng chớp có rồi không
 Cây cối xuân tươi, thu héo hon
 Nhìn cuộc thịnh suy đừng sợ hãi
 Thịnh suy: ngọn cỏ giọt sương hồng). 

rồi thị tịch. Vua Lý Thái Tổ và tất cả triều thần nhà Lý đến làm lễ trà tỳ, thỉnh Xá lợi của ngài về thờ tại chùa Tiêu Sơn (Bắc Ninh).