Cũng còn chuyện để cần bàn, đó là trách nhiệm giữ gìn và quản
lý tài sản Giáo hội là ai; Giáo hội bảo hộ và quản lý chung là về mặt thượng
tầng, song còn hạ tầng thì như thế nào; rồi vấn đề chiếm dụng, tranh chấp,
chuyển nhượng tài sản Giáo hội thì được giải quyết ra sao? Bối cảnh của đất
nước ta từ lịch sử cho đến ngày nay đã để lại một số hệ quả là nhiều bất động
sản của Phật giáo được tạo mãi hợp pháp (công sức khai phá, xây dựng từ thời kỳ
xa xưa), qua một thời gian thì được Nhà nước tạm mượn để xây dựng công trình
công ích như trường học, hợp tác xã,… Có nơi địa phương hoàn trả lại cho Phật
giáo, có nơi thì địa phương coi như quên luôn, khiến tạo ra sự khiếu kiện kéo
dài và việc hoàn trả xem ra rất mong manh. Còn một điểm nữa, đó là vai trò trụ
trì trong việc quản lý đất đai, tài sản Giáo hội. Trụ trì có hộ khẩu ở chùa
không có nghĩa là chủ sở hữu đất và chùa. Tuy vậy, có hiện tượng vị trụ trì sử
dụng, khai thác bất động sản để phục vụ lợi ích cá nhân, thậm chí dưới nhiều
hình thức câu kết để hợp thức hóa đứng tên chủ quyền đất đai nhà chùa, vốn được
xem là Giáo sản.
Ðề cập đến tài sản Giáo hội là vấn đề tế nhị và phức tạp.
Song, những điều quy định về tài sản Giáo hội trong Hiến chương xem ra vẫn còn
đơn giản. Nên bổ sung thêm một số quy định về quản lý, sử dụng Giáo sản; về
nghiêm cấm các hành vi khai thác, chuyển nhượng Giáo sản với mục đích tư lợi,
cá nhân và đối với vị trụ trì, họ cũng nên được quy định thêm chức năng, nhiệm
vụ của một người đang quản lý bất động sản nhà chùa theo đúng luật về đất đai
tôn giáo.
Ngoài ra, cũng cần nói rõ hơn về việc hiến cúng tài
sản cho Giáo hội của người đã xuất gia. Ðó là “cải gia vi tự”. Về mặt tâm lý,
cần phải xác lập là khi hiến cúng cho Giáo hội thì cần phải được xem là tài sản
Giáo hội, người hiến cúng dù tu ở ngôi chùa, đất đai mình đã hiến cúng sẽ không
còn có quyền quyết định về bất động sản này, bởi vì ngôi chùa và vị Tăng Ni này
đã thuộc tổ chức Giáo hội điều hành (nếu đã gia nhập Giáo hội). Ðã có những rắc
rối xảy ra về tranh chấp trong nội bộ gia tộc về đất và chùa, khi tài sản này
còn liên quan quyền sở hữu của những thành viên trong họ tộc. Ðiều này (đất và
chùa) trước khi hiến cúng, gia nhập Giáo hội cần phải đảm bảo nguyên tắc công
chứng với sự ký tên và đồng ý của các thành viên đồng sở hữu về tài sản này, để
sau khi gia nhập Giáo hội không còn việc tranh chấp quyền lợi giữa các thành
viên đi đến vấn đề khiếu kiện và tố tụng